电子加速器的安全运行要注意以下几点：
1、在电子加速器设施竣工后应对辐射防护设施进行验收，包括辐射屏蔽、安全联锁和警告系统、辐射监测系统、通风系统以及辐射防护用的实验室或设施。符合设计要求，经当地辐射主管部门发给许可证后方可投入运行。
2、运行人员工作前必须接受辐射防护基础知识的培训，掌握本加速器的辐射安全和监测仪表的使用方法，考核合格后才能成为正式运行人员。
3、必须同时满足下列条件才能开机：加速粒子的种类、加速电压与预定值一致；控制台上的显示装置、联锁和警告系统能正常工作；加速器厅、辐照厅不得有人停留，加速器厅、辐照厅的门都已关闭。
4、开机和停机必须用控制台上的控制开关操作，除紧急情况下，不得用切断联锁的办法关机。用切断联锁办法停机，切断部分必须人工复位后，在控制台上用主控开关重新启动加速器。
5、未经值班人员和辐射安全负责人的批准不得旁路联锁系统，因工作需要旁路联锁系统时在控制台上要有显示，并做记录，还要采取其他辅助安全措施，争取尽快恢复。
6、电子加速器停机后，工作人员进入辐照厅之前应让排臭氧风机继续工作一段时间,使其浓度低于国家标准后，方可进入。
