辐照加工企业的成本大致分为：设备投资及折旧、设施的维护及运行成本、辐照加工成本、人力成本等。企业在计划建设辐射装置时，首选考虑的应是一次性的设备投资、辐照加工及设备的运行维护。如果以目前国产的10MeV高能加速器与50万居里的钴源设施为例，一次性设备及建筑投入两者约在2000～2400万元人民币左右（进口加速器的投资成本另当别论），钴源装置的投入加上了辐射源的首次购买费用，因此加速器的投入与钴源装置投入基本相当。
运行成本主要为直接的能源成本和间接成本。加速器装置主要是电源的消耗，约为15元/千瓦时电子束输出；而钴60装置主要是定期的钴源补充，约为24元/千瓦时γ射线输出。间接成本主要是钴60的废源处理成本，约为3～10元/千瓦时γ射线输出，而电子加速器则没有。相比之下钴源的运行成本高于电子加速器。
食品、药品及医疗器械的消毒灭菌辐照加工成本主要取决于辐射加工的射线利用率。据研究10MeV的电子加速器的射线利用率最高可达50%，通常约为10%～40%。而钴60γ射线的最高利用率为42%，通常在8%～35%之间。
除此以外，对成本的影响还有其它不确定因素。对于钴60γ射线装置来说，我国的钴源一直是依赖国外进口，价格受国外厂商控制。但据了解国内目前已经能够生产符合国际标准的钴源，并已开始在401分装，随着钴源国产化，钴源价格成本今后会降低。钴源是特殊的商品，如果管理不到位，对社会具有较高危险程度，因此国家对放射性物质的管理
也在进一步严格和规范，这对钴源的运输成本、废源的处理和安保措施等会增加难度和费用（包括环境因素和防范恐怖分子等因素的影响）。设备运行的稳定性是影响电子加速器的关键因素之一，即设备的年运行生产时间直接关系到收益情况。
另外，国内高能加速器设备近年才在技术上实现突破，真正在食品辐照方面的产业化应用还没有或使用的范围很窄。电子加速器辐照食品的种类、工艺研究，质量标准等技术方面的研究都还不成熟。而钴60γ辐照装置，生产工艺、技术标准等都相当成熟，在近一段时间内具有投资风险较小的优势。加速器设备本身一直以来都比钴源装置贵，但参照半个世纪以来加速器的能量以每十年一个数量级的增长，而单位能量的造价以每十年一个数量级的下降的规律，随着技术的发展，高能加速器的性价比也会越来越高。
在设备的维护上加速器较钴60γ装置复杂，对运行维护人员的技术要求更高。
